En Colombia es sinónimo de atrapar, agarrar, coger, pañar, apañar, cachar (es coger algo que va por los aires, como un balón o una pelota). Agarrar en el aire, atrapar en vuelo.
Sinónimos de empomar son atrapar agarrar coger pañar apañar cachar
Usado así en Colombia
"Empomar es atrapar durante el vuelo, en el aire."
En lunfardo es fornicar el varón a alguien, por extensión es joder, perjudicar. Puede ser una reducción festiva de empernar con la influencia de pomo, por "meter el pomo" (el pene), o quizá esté tomado del catalán donde significa "agarrar, aferrar".
"Se me ocurren varios ejemplos de empomar, pero son todos muy ordinarios."